Le chef de projet milieux aquatiques est un cadre territorial spécialisé dans la gestion des cours d’eau, zones humides et écosystèmes fluviaux. Il intervient au sein des collectivités gestionnaires de la GEMAPI (Gestion des Milieux Aquatiques et Prévention des Inondations), compétence obligatoire des EPCI à fiscalité propre depuis le 1er janvier 2018 en application de la loi MAPTAM. Métier de la filière technique de la FPT, il combine ingénierie écologique, droit de l’eau, gestion de projet et concertation territoriale.
Quel est le rôle d’un chef de projet milieux aquatiques ?
Le chef de projet milieux aquatiques pilote des opérations de restauration écologique, de prévention des inondations et de gestion sédimentaire des cours d’eau. Il intervient pour le compte d’un EPCI, d’un syndicat mixte de bassin versant, d’une métropole ou d’un établissement public territorial de bassin (EPTB).
Quelles missions au quotidien ?
- Conception de programmes pluriannuels de restauration de cours d’eau (PPG, PAPI).
- Maîtrise d’ouvrage de travaux : suppression d’ouvrages obstacles, restauration de continuité écologique, renaturation, gestion de la ripisylve.
- Suivi écologique : indices biologiques (IBGN, IPR, IBD), mesures physico-chimiques.
- Études réglementaires : dossiers loi sur l’eau (DLE), études d’impact, dossiers Natura 2000.
- Concertation avec riverains, agriculteurs, pêcheurs, associations environnementales.
- Recherche de financements : Agence de l’eau, FEDER, État, Région, Département.
- Animation des SAGE (Schémas d’Aménagement et de Gestion des Eaux).
Qu’est-ce que la compétence GEMAPI ?
La GEMAPI est la compétence obligatoire transférée aux EPCI à fiscalité propre par la loi MAPTAM du 27 janvier 2014, effective au 1er janvier 2018. Elle regroupe 4 missions issues de l’article L211-7 du Code de l’environnement.
Quelles sont les 4 missions GEMAPI ?
| Mission | Référence article L211-7 | Type d’action |
|---|---|---|
| Aménagement de bassin hydrographique | 1° | Études, schémas, programmation |
| Entretien et aménagement de cours d’eau, canaux, lacs, plans d’eau | 2° | Travaux courants ripisylve |
| Défense contre les inondations et contre la mer | 5° | Digues, ouvrages de protection |
| Protection et restauration des sites, écosystèmes aquatiques et zones humides | 8° | Renaturation, ZH, biodiversité |
Les EPCI peuvent transférer ou déléguer la GEMAPI à un syndicat mixte de bassin versant ou un EPTB. Le financement repose sur la taxe GEMAPI plafonnée à 40 € par habitant et par an (article 1530 bis du Code général des impôts).
Comment devenir chef de projet milieux aquatiques ?
Le métier relève du cadre d’emplois des ingénieurs territoriaux (catégorie A) ou des techniciens territoriaux (catégorie B). L’accès se fait par concours externe, interne ou troisième concours, ou par recrutement contractuel direct sur emploi permanent (article L332-8 du CGFP).
Quelles voies d’accès ?
| Cadre d’emplois | Catégorie | Diplôme requis | Concours |
|---|---|---|---|
| Technicien territorial | B | Bac (filière scientifique) | Externe / interne / 3e voie |
| Technicien principal 2e classe | B+ | Bac+2 ou DUT/BTS environnement | Externe |
| Ingénieur territorial | A | Master / diplôme d’ingénieur | Externe / interne / 3e voie |
| Ingénieur en chef | A+ | Master + INET | Concours national INET |
Quelles formations préparent au métier ?
- BTS GPN (Gestion et Protection de la Nature).
- BTS Métiers de l’eau.
- DUT Génie biologique option environnement.
- Licence pro Métiers de l’eau et de l’environnement.
- Master Hydrologie, Hydrobiologie, Gestion de l’eau et des milieux aquatiques (Tours, Rennes, Montpellier, Clermont).
- Diplôme d’ingénieur AgroParisTech, ENGEES, INRAE, Sup Agro.
- Formations CNFPT spécialisées : GEMAPI, droit de l’eau, gestion sédimentaire.
Quel est le cadre juridique du métier ?
Le chef de projet milieux aquatiques travaille dans un cadre juridique dense issu du Code de l’environnement, du Code général des collectivités territoriales et des directives européennes. La directive cadre sur l’eau (DCE) 2000/60/CE impose un objectif de bon état écologique des masses d’eau.
Quels sont les textes structurants ?
- Directive cadre sur l’eau (DCE) 2000/60/CE : objectif de bon état écologique des masses d’eau.
- Code de l’environnement, articles L211-1 à L216-13 : régime général de l’eau.
- Loi MAPTAM du 27 janvier 2014 : création de la compétence GEMAPI.
- Loi NOTRe du 7 août 2015 : organisation territoriale.
- SDAGE : Schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux par bassin (Adour-Garonne, Loire-Bretagne, Rhin-Meuse, Rhône-Méditerranée, Seine-Normandie, Artois-Picardie).
- SAGE : Schémas d’aménagement et de gestion des eaux locaux.
- PAPI : Programmes d’actions de prévention des inondations.
Quelles sont les opérations types de restauration ?
Les principales opérations conduites par un chef de projet milieux aquatiques visent à restaurer la continuité écologique et l’hydromorphologie des cours d’eau. Elles font l’objet de financements spécifiques par les Agences de l’eau dans le cadre de leurs programmes d’intervention sexennaux.
Quelles typologies d’actions ?
| Type d’action | Objectif | Outil de financement principal |
|---|---|---|
| Effacement d’ouvrage | Continuité écologique L214-17 CE | Agence de l’eau (jusqu’à 80 %) |
| Restauration de méandres | Hydromorphologie | FEDER + Agence de l’eau |
| Reméandrage et reconnexion ZH | Biodiversité + lutte inondations | Agence de l’eau + Région |
| Renaturation berges | Lutte érosion + biodiversité | Agence de l’eau + EPCI |
| Travaux ripisylve | Entretien végétation rivulaire | Taxe GEMAPI |
| Construction passes à poissons | Continuité piscicole | Agence de l’eau (jusqu’à 80 %) |
| Diagnostic ouvrages digues | Sécurité (décret 2015-526) | FEDER + Région + EPCI |
Quel est le statut et la rémunération ?
L’ingénieur territorial débute à l’indice majoré 444, soit un traitement de base brut d’environ 2 187 €. Le RIFSEEP en filière technique catégorie A varie de 5 000 à 15 000 € annuels selon la taille de la collectivité et le niveau de responsabilité.
Grille indiciaire 2026 — ingénieur territorial
| Grade | Échelon début | Indice majoré début | Indice majoré sommet |
|---|---|---|---|
| Ingénieur | 1er | 444 | 673 (10e) |
| Ingénieur principal | 1er | 513 | 798 (8e) |
| Ingénieur hors classe | 1er | 660 | HEA (Hors Échelle A) |
Quels employeurs publics recrutent ?
Les recruteurs sont prioritairement les EPCI à fiscalité propre, syndicats mixtes de bassin versant, EPTB et métropoles. Les Agences de l’eau (établissements publics nationaux) recrutent également des chefs de projet en interne.
Quels types d’employeurs ?
- EPCI à fiscalité propre (communautés de communes, d’agglomération, urbaines, métropoles).
- Syndicats mixtes de bassin versant (SMBV, syndicats de rivière).
- Établissements Publics Territoriaux de Bassin (EPTB) : 41 EPTB en France.
- Agences de l’eau (FPE, 6 agences nationales).
- Office français de la biodiversité (OFB) — opérateurs scientifiques.
- Conseils régionaux et départementaux (politiques eau).
- Parcs naturels régionaux et nationaux.
Sources officielles et références juridiques
- Ministère de la Transition écologique — Compétence GEMAPI
- Code de l’environnement (Légifrance)
- Agences de l’eau — programmes d’intervention
- Office français de la biodiversité (OFB)
- CNFPT — Formations gestion des milieux aquatiques
Article mis à jour le 4 mai 2026.